显著提升完整度和准确度！湖北农科院发表高质量栽培草莓基因组注释

人工栽培草莓（F. ananassa）是一种重要的水果作物，其果实深受世界各国人民的喜爱。

该物种是一种异源多倍体(Fragaria×ananassa，8n=56)，基因组复杂，杂合度高。其基因组最近被测序，为栽培草莓和蔷薇科近缘种提供了关键的参考基因组。

近日，湖北省农科院以“Reannotation of the cultivated strawberry genome and establishment of a strawberry genome database”为题，在《园艺研究》（Horticulture Research）上发表了他们的最新研究成果。

目前对人工栽培草莓基因组的注释，主要依赖于从头预测，在较小程度上依赖于转录组数据。

在他们的研究中，湖北农科院的研究人员们基于一个PacBio全长RNA文库和92个Illumina RNA测序文库，基于这两大技术，对F. ananassa基因组进行了结构和功能重新注释。他们对栽培草莓的基因组进行重注释，显著地提升了栽培草莓基因组注释的完整度和准确度，获得栽培草莓基因组注释新版本v1.0.a2。

这一改进的人工栽培草莓（F. ananassa）基因组注释共包含108447个基因模型，其中BUSCOs完整度为97.85%。19174个基因的模型被修改，360个新基因被鉴定，11044个基因被发现具有交替剪接的亚型。

此外，研究人员们构建了一个草莓基因组数据库(SGD)，用于草莓基因同源性的搜索和注释下载。

最后，他们对4个发育阶段的人工栽培草莓（F. ananassa）花贮和瘦果的转录组进行了重新分析和鉴定，并给出了该注释中所有基因的表达谱。

该研究为蔷薇科草莓的基因组分析和基因功能研究提供了基础。

编译/前瞻经济学人APP资讯组

本文来源前瞻网，转载请注明来源。本文内容仅代表作者个人观点，本站只提供参考并不构成任何投资及应用建议。（若存在内容、版权或其它问题，请联系：service@qianzhan.com）